Susu Nakoshi a 34 ans, dort dans sa voiture entre un parc chic et un quartier de sans-abri, et accepte un jour qu'on lui perce le crâne pour une étrange expérience. Après cette trépanation, il se met à voir chez certaines personnes des silhouettes difformes, des visions qui semblent sortir de leurs failles les plus intimes. Homunculus part de là : un Tokyo très concret, un héros déjà fêlé, et une descente psychologique qui devient de plus en plus troublante.
Le manga est écrit et dessiné par Hideo Yamamoto, auteur aussi de Ichi the Killer, autre grand titre adulte du manga des années 1990-2000. Homunculus démarre en 2003 dans le magazine Weekly Big Comic Spirits de Shogakukan et s'achève en 2011, pour un total de 15 volumes. En France, la série est publiée chez Tonkam, ce qui en a longtemps fait un seinen marquant mais pas toujours facile à croiser hors des rayons bien tenus.
Avec le recul, Homunculus a gardé une place à part : moins installé dans le grand public que d'autres seinen de la même époque, mais régulièrement défendu pour sa noirceur, son étrangeté et son regard sur l'identité. Une adaptation en film live a vu le jour en 2021, signe que le titre continue de circuler au-delà du seul manga. Pour la collection française, le point de départ le plus simple reste l'édition Tonkam en 15 tomes ; les lecteurs qui comparent avec le Japon tomberont aussi sur une réédition bunko en 10 volumes, distincte de la première édition en tomes d'origine.